En sus 613 hectáreas de extensión existe una diversa y amplia vegetación conformada principalmente por páramos constituidos por matorrales y bosquecillos desarrollados en áreas de protección, donde también se pueden contemplar pastizales y pajonales en las partes más altas. Dentro de esta majestuosa vegetación se destaca la presencia de arbustos y arbolitos como el mano de oso, uvos de monte, te de Bogotá, ajicillo y trompetero entre muchos otros.

En la Reserva Forestal Laguna del Cacique Guatavita y Cuchilla de Peñas Blancas se puede observar gran variedad de aves y mamíferos. Entre las aves más representativas de este hábitat están los colibríes, atrapamoscas, mieleros, fruteros y aunque un poco más escasos, los hormigueros, carpinteros y aves rapaces; también se han registrado perdices, chirlobirlos, mirlas negras y algunas aves semilleras.

En cuanto a mamíferos, esta zona estuvo habitada por el oso andino y el tinajo; todavía encontramos zorros, comadrejas, conejos y musarañas.